Program Magister adalah program akademik pada jenjang strata dua (S-2)  yang bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang:

• menguasai, memahami, dan dapat menerapkan pendekatan, metode, dan kaidah ilmiah di bidang ilmunya untuk,  secara mandiri maupun dalam kerjasama lintas disiplin, memberi kontribusi pemecahan permasalahan masyarakat;
• bersikap terbuka dan tanggap terhadap perkembangan ilmu pengetahuan;
• terutama yang terkait dengan bidang ilmunya;
• Agar dapat diterima di  Program Magister, calon mahasiswa harus  mempunyai potensi dan prestasi akademik yang tinggi, dan mempunyai motivasi tinggi untuk mengembangkan keterampilan berdasarkan penguasaan.

Total Beban studi di Program Studi Strata Dua (S-2) adalah:

• Magister Manajemen = 42 SKS
• Magister Ilmu Sosial = 42 SKS
• Magister Ilmu Teologi = 42 SKS
• Magister Ilmu Hukum = 36 SKS
• Magister Teknik Sipil = 36 SKS
• Magister Arsitektur = 36 SKS
• Magister Teknik Kimia = 36 SKS
• Magister Teknik Industri = 36 SKS
• Magister Hubungan Internasional

TESIS

Dalam proses perkuliahan di program Magister, syarat kelulusan seorang Mahasiswa adalah harus menyelesaikan Tesis. Tesis adalah karya  ilmiah  tertulis  yang  disusun  oleh  mahasiswa  secara individual berdasarkan hasil penelitian dan harus dipertahankan dalam Sidang Tesis yang juga merupakan Sidang Magister. Proses penyelesaian Tesis sangat  tergantung  pada  inisiatif  mahasiswa. Mahasiswa memilih sendiri  topik penelitian,  dan  mengusulkan  nama  dosen pembimbing kepada Kepala Program.